Seit er sich seinem Instrument verschrieben hat, arbeitet Jan Vogler beständig daran, das Farbspektrum seines Celloklangs auszudehnen und verfeinert im ständigen Dialog mit renommierten zeitgenössischen Komponisten und Interpreten seine musikalische Sprache - mit aller Leidenschaft und immer auch mit dem nötigen Maß Risiko.

Die New York Times bewunderte Jan Voglers "lyrisches Gespür", das Gramophone Magazine lobt seine "schwindelerregende Virtuosität" und die Frankfurter Allgemeine Zeitung attestiert ihm die Gabe, "sein Cello wie eine Singstimme sprechen lassen zu können". Jan Vogler ist Künstlerischer Leiter des Moritzburg Festivals bei Dresden und seit Oktober 2008 auch Intendant der Dresdner Musikfestspiele. 2010 begleitete er als Kulturbotschafter Deutschlands den ehemaligen Bundespräsidenten Horst Köhler zu dessen Staatsbesuch nach Korea.

2006 erhielt er den Europäischen Kulturpreis und 2011 den Erich-Kästner-Preis für Toleranz, Humanität und Völkerverständigung.

 Zu den Höhepunkten seiner Karriere zählen die Auftritte mit dem New York Philharmonic, sowohl in New York als auch im Rahmen der Wiedereröffnung der Dresdner Frauenkirche im November 2005 unter Lorin Maazel. Er konzertierte mit Orchestern wie den Chicago, Boston, Pittsburgh, Montreal und Cincinnati Symphony Orchestras, der Sächsischen Staatskapelle oder den Wiener Symphonikern. Mit den Pianisten Martin Stadtfeld und Hélène Grimaud verbindet ihn eine regelmäßige Zusammenarbeit.

Jan Voglers Orchesterrepertoire beinhaltet neben den bekannten Werken für Violoncello auch so ausgefallene Stücke wie das Vogler gewidmete Cellokonzert "Dunkle Saiten" von Jörg Widmann und das Cellokonzert "Ubi Est Abel Frater Tuus?" von Tigran Mansurian sowie die ebenfalls eher selten gehörten Konzerte von Barber, Graf, Hasse, Bürger und das hochvirtuose Konzert von Michael Haydn.

2003 begann Jan Voglers erfolgreiche Aufnahmetätigkeit bei Sony Classical mit einer Einspielung von Richard Strauss' "Don Quixote" und der Romanze mit der Sächsischen Staatskapelle Dresden unter Fabio Luisi. Preisgekrönte Früchte dieser Kooperation sind u. a. die Aufnahme des Cellokonzerts von Dvorák mit dem New York Philharmonic unter David Robertson sowie zwei Mozart-Einspielungen mit Künstlern des Moritzburg Festivals (ECHO Klassik "Kammermusik-Einspielung des Jahres" 2006). 2009 veröffentlichte Sony die CD "Experience", aufgenommen mit dem New Yorker Orchester The Knights, mit Werken von Schostakowitsch (Cellokonzert Nr. 1 u.a.) und Jimi Hendrix. Im Herbst 2009 erschienen Bach-Sonaten mit Martin Stadtfeld und im Januar 2010 die zweite CD mit den Knights, auf der Jan Vogler mit Dvoráks "Waldesruh" zu hören ist. Auf seiner neusten Veröffentlichung (2018) spielt er mit Violinistin Mira Wang und dem Royal Scottish National Orchestra Stücke von Brahms, Wolfgang Rihm und John Harbison ein.