Nikolaus Harnoncourt wurde 1929 in Berlin geboren und wuchs in Graz auf. Er studierte Violoncello bei Paul Grümmer und an der Wiener Musikhochschule bei Emanuel Brabec. Von 1952 bis 1969 war er Mitglied der Wiener Symphoniker. Nebenher widmete er sich der Aufführungspraxis von Musik der Renaissance bis zur Klassik sowie der Spieltechnik und Klangmöglichkeiten alter Instrumente. So gründete Nikolaus Harnoncourt 1953 das Ensemble "Concentus Musicus", das 1957 erstmals öffentlich auftrat. Sehr bald folgten Schallplattenaufnahmen, die das Repertoire von 1200 bis 1800 umspannen. Einen Zentralpunkt bildet dabei das komplette Kantatenwerk Bachs, das gemeinsam mit Gustav Leonhardt im Rahmen eines fast 20 Jahre dauernden Projektes aufgenommen wurde.

Seit der Saison 1978/79 leitet Nikolaus Harnoncourt einen eigenen Concentus-Musicus-Zyklus bei der Gesellschaft der Musikfreunde in Wien. Galt Harnoncourt in früheren Jahren als Spezialist für Renaissance- und Barockmusik – was er nicht gerne hörte – so hat er später auch die Werke der Klassik und Romantik aufgeführt. Seit 1985 wirkte er regelmäßig bei dem von ihm mitgeplanten, jährlich in Graz stattfindenden Festival "styriarte" mit. Hier hat er mit dem Chamber Orchestra of Europe wiederholt Werke von Haydn, Beethoven, Schumann, Schubert, Mendelssohn und Brahms zyklisch aufgeführt und aufgenommen.

Sowohl im symphonischen Repertoire als auch im Musiktheater führte Nikolaus Harnoncourts Weg als Dirigent über die Wiener Klassik zum romantischen Repertoire und ins 20. Jahrhundert. Einige Stationen auf diesem Weg: die Wiener Staatsoper mit einem Mozart-Zyklus, die Salzburger Festspiele mit Monteverdis "L'incoronazione di Poppea" und Mozarts "Le nozze di Figaro", "Don Giovanni" und "La clemenza di Tito". Dazwischen immer wieder Zürich: Webers "Freischütz", Schuberts "Des Teufels Lustschloss" und "Alfonso und Estrella", Offenbachs "La belle Hélène", "La Périchole" und "La Grande-Duchesse de Gérolstein", oder Verdis "Aida". In der Orchesterarbeit sind es das Concertgebouw-Orkest Amsterdam, das Chamber Orchestra of Europe, die Wiener und die Berliner Philharmoniker, mit denen Nikolaus Harnoncourt ein großes Repertoire erarbeitet und immer wieder neu entdeckt hat: Dieses führt über Haydn, Mozart und Beethoven über Schubert, Mendelssohn, Schumann, Brahms, Dvorák und Bruckner bis hin zu Bela Bartók und Alban Berg. 

20 Jahre lang unterrichtete er als Professor für Aufführungspraxis an der Musikuniversität Mozarteum in Salzburg. Sein Wirken ist mit zahlreichen internationalen Auszeichnungen gewürdigt worden. Nikolaus Harnoncourt ist Ehrenmitglied der Gesellschaft der Musikfreunde und der Konzerthausgesellschaft in Wien (seit 1992), Ehrendoktor der Universität Edinburgh und der Musikuniversität Mozarteum in Salzburg, sowie Ehrenmitglied der Musikuniversitäten Graz und Wien. 2002 erhielt er den Ernst-von-Siemens-Musikpreis, des weiteren den Polarpreis Stockholm und 2005 wurde ihm der Kyoto-Preis verliehen, der weltweit bedeutendste unabhängige Kulturpreis, der herausragenden internationalen Persönlichkeiten aus Kultur und Wissenschaft zugesprochen wird.

Nikolaus Harnoncourts Diskographie umfasst annähernd 500 Einspielungen, die mit allen internationalen Klassik-Preisen, inklusive eines Grammys für seine Version der "Matthäus-Passion" bedacht wurden. 2006 wurde er mit dem Echo Klassik für die Einspielung des "Messias" zusammen mit dem Concentus Musicus Wien (dhm) ausgezeichnet. 2007 erschien Bachs Weihnachtsoratorium (dhm), ein Jahr später die Einspielung Robert Schumanns "Das Paradies und die Peri" (RCA). Für diese CD erhielt Harnoncourt den Echo Klassik-Preis 2009 als Chorwerk-Einspielung des Jahres. Im März 2011 wurde seine Einspielung von Brahms "Deutschem Requiem" mit den Wiener Philharmonikern veröffentlicht. Im März 2012 folgt die CD "Walzer Revolution" mit dem Concentus Musicus Wien und Walzern von Mozart, Strauss und Lanner.